Từ đầu năm 1998, Công ty Giầy Thụy Khuê đã là một trong những đơn vị đầu tiên của Hà Nội chủ động áp dụng các mô hình quản lý tiên tiến nhằm cải tiến và nâng cao chất lượng hoạt động của doanh nghiệp.
Ban giám đốc Công ty còn đề ra nguyên tắc "khâu sau là khách hàng của khâu trước", nhờ thế, số sản phẩm hỏng được giảm tối đa, chất lượng sản phẩm đạt yêu cầu thường là 99,82%.
Công ty đã được PSB (Tổ chức năng suất và tiêu chuẩn của Singapo) và Quacert (Trung tâm chứng nhận phù hợp tiêu chuẩn Việt Nam) cấp chứng chỉ công nhận đủ điều kiện áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng theo Tiêu chuẩn ISO 9002:1994. Năm 2001, Công ty quyết định chuyển sang mô hình quản lý chất lượng ISO 9001:2000 mới ban hành với nhiều điểm ưu việt hơn và đã được cấp chứng chỉ chứng nhận vào tháng 11/2001 mà không phải thuê tư vấn hỗ trợ.
Với hệ thống quản lý chất lượng này, năng lực quản lý và sản xuất của Công ty đã có nhiều bước chuyển biến tích cực. Sản phẩm của Công ty được khách hàng tín nhiệm và đánh giá cao. Từ chỗ chỉ sản xuất gia công cho các đối tác nước ngoài, Công ty đã xuất khẩu trực tiếp sản phẩm giầy dép tới hơn 20 nước, trong đó có thị trường Mỹ. Đặc biệt, trước đây Công ty chỉ chuyên sản xuất chủng loại giầy đơn giản, giầy vải, giầy bảo hộ... thì đến nay Công ty đã có thể làm được tất cả các chủng loại giầy với chất lượng tiêu chuẩn châu Âu. Nhờ vậy, tốc độ tăng trưởng bình quân hàng năm của Công ty là 12%, doanh thu năm 2004 tăng gấp đôi so với năm 1998, sản phẩm của công ty đạt Giải Vàng chất lượng Việt Nam năm 1998, Giải thưởng Chất lượng Quốc tế Châu Á - Thái Bình Dương năm 2000...
Không dừng lại ở đó, Công ty Giầy Thụy Khuê còn lập dự án đăng ký áp dụng đề tài bảo vệ môi trường bằng việc triển khai thực hiện hệ thống quản lý môi trường theo tiêu chuẩn ISO 14000. Lãnh đạo Công ty đã phân định trách nhiệm rõ ràng về năng suất và chất lượng sản phẩm đối với từng cá nhân, từng bộ phận. Việc tổ chức sản xuất được sắp xếp một cách hợp lý, tránh các công đoạn thừa, chồng chéo, giảm tối đa các chi phí... đã giúp Công ty tăng năng suất và nâng cao chất lượng sản phẩm. Ngoài các tiêu chuẩn sản phẩm của Việt Nam và của từng khách hàng đặt trước, Công ty Giầy Thụy Khuê còn nghiên cứu, quy định cụ thể các tiêu chuẩn cơ sở của Công ty để làm thước đo chất lượng sản phẩm. Hệ thống chứng chỉ chất lượng quốc tế còn giúp Công ty tạo ra một môi trường sạch trong toàn bộ hoạt động sản xuất, đảm bảo tốt công tác an toàn phòng chống cháy nổ, thường xuyên tổ chức diễn tập xử lý các tình huống khẩn cấp. Cùng với việc đầu tư thiết bị xử lý bụi, xử lý nước thải, công ty còn thực hiện tốt các yêu cầu của Luật bảo vệ môi trường và được đánh giá tốt thông qua các đợt thanh tra, kiểm tra của cơ quan chức năng.
Sau 6 năm áp dụng ISO, Công ty Giầy Thụy Khuê đã chủ động kết hợp 2 hệ thống trên thành một hệ thống quản lý chất lượng - môi trường chung, phù hợp với cả ISO 9000, ISO 14000 và một phần cơ bản của SA 8000. Việc kết hợp 2 hệ thống này đã giúp Công ty vận hành các quy trình hoạt động một cách đồng bộ và nhất quán, công tác quản lý, giám sát công việc được thu gọn và tiết kiệm các nguồn nhân lực, giảm đáng kể thời gian và chi phí cho bộ máy hoạt động...
Hiện tại, Công ty đang tiếp cận và triển khai áp dụng mô hình quản lý mới là Hệ thống quản lý sự phù hợp và chuỗi cung ứng - gọi tắt là CMS 2000. Với hệ thống này, Công ty đang từng bước tự hoàn thiện công tác tổ chức sản xuất kinh doanh theo hướng phát triển bền vững dựa trên 5 điều kiện cơ sở: đảm bảo chất lượng, hiệu quả hoạt động, môi trường, an toàn và sức khỏe, trách nhiệm xã hội và các luật định về thương mại.